在对马尼拉湾进行清理及重建之前，周六，菲律宾环境部（DENR）对马尼拉湾的数个部位进行了水质检验。

由于马尼拉湾的垃圾问题，周二，杜特地总统警告，沿马尼拉湾的所有商业机构必须遵守环境法则，否则将被关闭。

从马尼拉港区附近取得的水样本，发现巴斯戈场地及SM亚洲商城的污染最严重。

较早前这个地区其他样品检验显示马尼拉湾海水的平均粪便大肠菌水平是330个“百万最可能数”（MPN），超出适宜游泳的标准100MPN的330万倍。

菲律宾环境部的一个声明称：“菲律宾环境部的目标是至二○一九年十二月把马尼拉湾的大肠菌水平降低至少于270MPN。”

菲律宾环境部长罗伊·西马图（Roy Cimatu）说：“商业机构必须有自己的污水处理厂（STP），他们不能把污水排入溪流中。”

他补充说：“我们给他们三个月的时间设立他们自己的STP。”

西马图表示，为了改善水质，政府必须迁移生活在马尼拉湾岸上的约四万个非正式居住的家庭。　　

他说：“菲律宾环境部将调查停在马尼拉港的船只是否有把化学物品排入马尼拉湾内。” 　　

较早前，菲律宾环境部称，它将于二○一九年一月开始清理及重建马尼拉湾。　　

副菲律宾环境部长安智布沓表示重建马尼拉湾须耗资最少470亿比索。　

　
马尼拉湾的清理是在长滩岛经过六个月的重建三个月后，被命令进行的。